扬州对京杭运河扬州段的综合整治主要是京杭运河扬州段“三改二”工程，该工程于2004年11月动工，2008年航道整治工作基本完成，2010年京杭运河扬州段“三改二”城区段绿化提升工程也如期完成。工程整治内容包括房屋拆迁、河道驳岸、疏浚、河滨绿化、栏杆安装和景点布置。工程大致分为三个阶段：
①2004年11月—2005年4月，“三改二”前期工程，主要整治壁虎河口段2.1公里，即对邗江区泰安镇河口进行切滩和护坡，拓宽航道过水断面，有效降低横流流速，从性质上解决每年汛期断航的问题。
②2006年7月—2008年8月，此阶段称为京杭运河续建二期工程，主要对沿线船闸进行扩容工程，尤其是部分通过能力比较低的邵伯、施桥等船闸。按照规划设计方案，邵伯、施桥船闸在复线的基础上改为三线，为过往船舶新建了一条宽阔的“路”，从而起到分流船舶，缓解交通拥堵的作用。
③2009年11月—2010年4月，该阶段称为京杭运河扬州段“三改二”城区段绿化提升工程(简称“京杭运河绿化提升工程”)，主要解决“三改二”工程中的航道两岸绿化带的问题。整治从槐泗古运河口到施桥船闸止，长达10公里的运河两岸遍布6米宽的绿化带，部分重点岸段宽度达到20米，成为了运河沿线的亮丽风景线。
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